O Jardim Botânico foi criado em 5 de junho de 1991 como um departamento da Fundação Zoo-Botânica de Belo Horizonte. Durante nove anos, ele funcionou no bairro Betânia, zona Oeste da capital mineira e, em 2001, sua atual estrutura foi inaugurada. Desde então, Jardins Zoológico e Botânico dividem o mesmo espaço, na Pampulha, zona Norte de BH. 

O Jardim Botânico colabora na criação de políticas públicas e no desenvolvimento de programas educativos e de pesquisas. É instituição de referência nas áreas de Botânica Aplicada e Fitossanitarismo. Suas prioridades são estudos e ações voltados para a conservação da flora regional, com destaque para as espécies raras, endêmicas e ameaçadas de extinção. Um dos projetos de destaque é o "Educação para Conservação da Caatinga Mineira". 

A área total da Fundação Zoo-Botânica é de 1.440.000m², dos quais 10 hectares são ocupados pelo Jardim Botânico, cuja área de visitação - construída entre 1997 e 2000 - é composta por estufas temáticas, jardins temáticos, pergolados, praças, lagos, fonte e anfiteatro. 

A estrutura é composta, ainda, pelo galpão de compostagem e minhocário, sementeira, e estufas de produção de mudas. Na sede da administração funciona, também a seção de venda de mudas.